Naloge Republike Slovenije na področju varstva pred nalezljivimi boleznimi izvajajo ministrstvo, pristojno za zdravje, Inštitut za varovanje zdravja Republike Slovenije in območni zavodi za zdravstveno varstvo v skladu z zakonom o zdravstveni dejavnosti (Uradni list RS, št.9/92), v primeru naravnih in drugih nesreč ter v vojni pa tudi organi in enote za zaščito, reševanje in pomoč v skladu s posebnim zakonom.
Ministrstvo, pristojno za zdravje, spremlja gibanje nalezljivih bolezni v državi in v tujini in o tem obvešča pristojne organe ter sprejema programe, usklajuje delo in določa ukrepe za izvajanje programov na področju obvladovanja in preprečevanja širjenja nalezljivih bolezni in epidemij.
Inštitut za varovanje zdravja Republike Slovenije in območni zavodi za zdravstveno varstvo spremljajo in proučujejo epidemiološke razmere nalezljivih bolezni v skladu z obveznostmi, sprejetimi z mednarodnimi sporazumi in v skladu s programi Svetovne zdravstvene organizacije ter na tej podlagi in v skladu s planom zdravstvenega varstva Republike Slovenije pripravijo programe za preprečevanje, obvladovanje, odstranitev (eliminacijo) in izkoreninjenje (eradikacijo) nalezljivih bolezni.
Programe iz prejšnjega odstavka določi minister, pristojen za zdravje, za posamezno leto ali za daljše obdobje. Program mora določati ukrepe, njihove izvajalce, roke za izvršitev posameznih nalog ter potrebna finančna sredstva.