Spremljanje izvajanja splošnih in posebnih ukrepov iz tega zakona ter preprečevanja in obvladovanja bolnišničnih okužb opravljajo Inštitut za varovanje zdravja Republike Slovenije in območni zavodi za zdravstveno varstvo.
Zdravstvena inšpekcija preverja, ali fizične in pravne osebe, ki izvajajo zdravstveno dejavnost, imajo in izvajajo program preprečevanja in obvladovanja bolnišničnih okužb.
Inštitut za varovanje zdravja Republike Slovenije in območni zavodi za zdravstveno varstvo ter zdravstvena inšpekcija se morajo medsebojno obveščati o ugotovitvah in ukrepih.