Ne glede na prvo alineo drugega odstavka 13. člena tega pravilnika se lahko na podlagi dovoljenja ministrstva do 31. 12. 2003 uporablja seme oziroma vegetativni razmnoževalni material, ki ni v skladu s prvo alineo drugega odstavka 8. člena tega pravilnika, če:
Ne glede na tretji odstavek 13. člena tega pravilnika se lahko na podlagi dovoljenja ministrstva do 31. 12. 2004 uporablja sadike za sajenje za ekološko pridelavo, ki niso bile pridelane v skladu s tem pravilnikom, če:
Ne glede na prvi odstavek 24. člena tega pravilnika se lahko z dovoljenjem organizacije za kontrolo na ekološko kmetijsko gospodarstvo do 31. 12. 2004 pripelje tudi živali, ki niso iz ekološke vzreje, če ob oblikovanju osnovne črede ali jate ni na razpolago zadostnega števila ekološko vzrejenih živali in gre za:
Ne glede na prvi, tretji, četrti, peti, šesti, sedmi, osmi in deveti odstavek 25. člena tega pravilnika, lahko ministrstvo za objekte, ki so bili zgrajeni pred uveljavitvijo tega pravilnika, do 31. decembra 2010 izda soglasje za povečanje gostote živali v objektih.
Nosilci kmetijskih gospodarstev vložijo vlogo za soglasje iz prejšnjega odstavka z načrtom preureditve objektov pri organizaciji za kontrolo, ta pa jo strokovno obrazloži in jo posreduje v soglasje ministrstvu. Ministrstvo ne izda soglasja v primeru, če načrt preureditve ne ureja bivalnih pogojev v skladu s tem pravilnikom.
Ne glede na prvi odstavek 26. člena tega pravilnika se lahko govedo do 31.12. 2010 privezuje le v objektih, ki so bili zgrajeni pred uveljavitvijo tega pravilnika, če je omogočen prost izpust in je reja v skladu z etološkimi potrebami živali, v prostorih z dovolj stelje in s posamično obravnavo, kar predhodno odobri organizacija za kontrolo.
Ne glede na tretji odstavek 30. člena tega pravilnika se lahko v obdobju do 24. 8. 2005 uporablja omejene odmerke krme, ki ni pridelana ekološko, če na domačem kmetijskem gospodarstvu ali trgu ni na voljo ekološke krme. Ta sme biti največ 10% letne količine za rastlinojede živali in 20% za druge vrste, računano kot odstotek suhe snovi v krmi kmetijskega porekla. V dnevnem obroku (razen v obdobju sezonskega potovanja čred) sme biti 25% krmil, ki niso ekološka.
Ne glede na drugi odstavek 37. člena tega pravilnika se lahko do 31. 12. 2003 prevzemajo roji čebel od družin, ki niso rejene v skladu s tem pravilnikom.
Ne glede na peti odstavek točke A Priloge I, se lahko kompostirani odpadki iz gospodinjstva uporabljajo le do 31. marca 2006.
Industrijsko apno iz predelave sladkorja iz osemindvajsetega odstavka točke A Priloge I, se lahko uporablja le do 31. marca 2002.
Izvleček (vodna raztopina) iz Nicotiana tabacum iz šestega odstavka točke B Priloge I, se lahko uporablja le do 31. marca 2002.
Metaldehid iz trinajstega odstavka točke B Priloge I, se lahko uporablja le do 31. marca 2006.
Baker v obliki bakrovega hidroksida (trivalentni), bakrovega sulfata in bakrovega oksida iz šestnajstega odstavka točke B) Priloge I, se lahko uporablja do najvišje dovoljene letne količine vnosa, ki je 3 kg bakra na hektar, v skladu s predpisi, ki urejajo vnos nevarnih snovi in rastlinskih hranil v tla.
Izopropanol (propan-2-ol) iz dvanajste alinee točke A Priloge II, se lahko uporablja le v obdobju do 31. decembra 2006.
Navadni poprovec (Piper nigrum) iz točke B Priloge II, se lahko uporablja le v obdobju do 30. aprila 2001.
Pesni sladkor iz točke B Priloge II, se lahko uporablja le v obdobju do 1. aprila 2003.
Pinjenec v prahu iz točke B Priloge II, se lahko uporablja le v obdobju do 31. avgusta 2001.
Laktoza iz točke B Priloge II, se lahko uporablja le v obdobju do 31. avgusta 2001.
Črevesa za klobase iz sedmega odstavka točke B) Priloge II, se lahko uporablja le do 1. aprila 2004.
Ne glede na četrti odstavek 39. člena, lahko organizacija za kontrolo dovoli nadomestno hranjenje s sladkornim sirupom, sladkorno melaso in medom, ki niso pridelani oziroma predelani v skladu s tem pravilnikom le v obdobju do 31. decembra 2004.