Postopek za odmero odškodnine za uničena ali pogrešana sredstva iz popisa uvede uporabnik po uradni dolžnosti, za poškodovana sredstva pa na zahtevo imetnika, ki mora zahtevo vložiti takoj ob vrnitvi, oziroma najkasneje v treh dneh po vrnitvi sredstva, če poškodb ni bilo mogoče ugotoviti že ob vrnitvi sredstva. Zahteva se vloži pri upravnem organu, pristojnem za obrambne zadeve.
Višino škode ugotavlja komisija, ki jo imenuje uporabnik. V Slovenski vojski se komisija ustanovi v skladu s pravili službe v Slovenski vojski. Poročilo o ocenjeni škodi se pošlje imetniku sredstva in upravnemu organu, pristojnemu za obrambne zadeve, ki je sredstvo razporedil. Na podlagi poročila upravni organ, pristojen za obrambne zadeve, izda odločbo o izplačilu odškodnine.
Če je sredstvo iz popisa zavarovano, oceni škodo pristojna zavarovalniška družba, ki izplača tudi odškodnino.