Obveznosti države do zavoda se poravnajo mesečno v obliki akontacije najpozneje do zadnjega delovnega dne v mesecu za tekoči mesec.
Višina mesečne akontacije se določa na podlagi sprejetega letnega finančnega načrta zavoda.
Dokončna obveznost države do zavoda za posamezno leto se ugotovi na podlagi letnega obračuna obveznosti, ki ga zavod predloži v 30 dneh po sprejetju zaključnega računa.
Razliko med dokončnim obračunom letne obveznosti in plačanimi akontacijami za isto leto poravna Republika Slovenija zavodu v 30 dneh po predložitvi obračuna.