Varnostno preverjanje organizacije se opravi tako, da organ, pristojen za izdajo varnostnega dovoljenja, preveri navedbe v vprašalniku za varnostno preverjanje z namenom preveritve podatkov iz tretjega odstavka prejšnjega člena in izpolnjevanja pogojev iz drugega odstavka tega člena ter zbira podatke o organizaciji, na katero se podatki nanašajo, iz uradnih evidenc ali pri drugih organih, organizacijah ali osebah, ki o teh podatkih kaj vedo.
Pristojni organ v postopku varnostnega preverjanja preveri, ali:
Pogoje iz prejšnjega odstavka ugotavlja na predlog pristojnega predlagatelja iz prvega odstavka 35.a člena tega zakona organ, pristojen za izdajo varnostnega dovoljenja, ki o zaključku varnostnega preverjanja pisno obvesti nacionalni varnostni organ.
Če je lastnik organizacije v višini vsaj 25 odstotkov druga organizacija, se pogoji iz drugega odstavka tega člena ugotavljajo tudi za povezane osebe druge organizacije.
Predlagatelj postopka in organizacija morata ves čas postopka sodelovati z organom, pristojnim za izdajo varnostnega dovoljenja. Če predlagatelj ali organizacija ne sodelujeta s pristojnim organom, se to šteje za umik predloga.
Oseba, ki bo v organizaciji po službeni dolžnosti imela dostop do tajnih podatkov stopnje tajnosti INTERNO, mora poleg pogojev iz drugega odstavka 31.a člena tega zakona izpolnjevati še naslednje pogoje:
Vlada podrobneje predpiše način in postopek ugotavljanja izpolnjevanja pogojev za izdajo varnostnega dovoljenja, vrste varnostnih dovoljenj in vsebino varnostnega vprašalnika za organizacije.