Pristojni organ iz drugega odstavka 35. člena tega zakona lahko v organizaciji ves čas veljavnosti varnostnega dovoljenja preverja izpolnjevanje pogojev iz 35.b člena tega zakona.
Če se po izdaji varnostnega dovoljenja pojavijo okoliščine, ki kažejo na to, da organizacija ne izpolnjuje več pogojev iz 35.b člena tega zakona, ali v primeru drugih ugotovitev varnostnega preverjanja, ki vzbujajo utemeljen dvom glede ustreznosti varovanja tajnih podatkov, pristojni organ iz drugega odstavka 35. člena tega zakona opravi postopek vmesnega varnostnega preverjanja.
Vmesno varnostno preverjanje se opravi na predlog pristojnega predlagatelja iz prvega odstavka 35.a člena tega zakona, na predlog nacionalnega varnostnega organa ali po uradni dolžnosti, za kar mora organizacija podati soglasje.
Pri postopku vmesnega varnostnega preverjanja se preverijo vsi pogoji iz 35.b člena tega zakona.
Če organizacija ne da soglasja za uvedbo vmesnega varnostnega preverjanja, se varnostno dovoljenje organizacije prekliče.
Do zaključka postopka vmesnega varnostnega preverjanja mora predlagatelj organizaciji onemogočiti obravnavanje in varovanje tajnih podatkov. O tem mora izdati pisni sklep in obvestiti nacionalni varnostni organ. Organizacija mora o izdanem pisnem sklepu pisno obvestiti vse naročnike, za katere izvaja naročilo, katerega izpolnitev zahteva ali vključuje dostop do tajnih podatkov.
Zoper odločbo, izdano v postopku varnostnega preverjanja organizacije, ni dovoljena pritožba, dovoljen pa je upravni spor, ki ga lahko sprožita predlagatelj ali preverjana organizacija.