Izbirni postopek za vse prijavljene kandidate opravi zbornica.
Pri izbiri imajo prednost kandidati s področij, ki nimajo zagotovljenih specialistov, predvidenih z nacionalnim programom zdravstvenega varstva Republike Slovenije – zdravje za vse do leta 2004 in z ozirom na pogoje, navedene v zakonu o zdravilih in medicinskih pripomočkih.
Zbornica odloči o vlogi za specializacijo v tridesetih dneh po preteku razpisnega roka. Odločbo o specializaciji izda zbornica v upravnem postopku; za kandidate, ki niso zaposleni ter za državljane držav, ki niso članice Evropske unije, pa specializacijo predhodno odobri minister za zdravje.
Po zaključku izbirnega postopka izda zbornica izbranim kandidatom odločbo o specializaciji, v kateri se določi tudi datum začetka opravljanja specializacije in glavnega mentorja. Odločba se vroči izbranemu kandidatu in glavnemu mentorju. Izbranemu kandidatu se pošlje tudi List farmacevta specializanta in navodila za opravljanje specializacije, ki jih izda zbornica, in podatke o prostih specializantskih mestih.
Kandidatom, ki niso izbrani, se o tem izda odločba.
Kandidat lahko vloži pritožbo zoper odločbo iz tega člena na Ministrstvo za zdravje.