Zavezanec plačuje vodno povračilo med letom v obliki mesečnih akontacij na račun, določen s predpisom ministra, pristojnega za finance.
Zavezanec ni dolžan plačevati vodnega povračila med letom v obliki mesečnih akontacij, če znesek mesečne akontacije ne presega 20 eurov.
Morebitna razlika med z akontacijo vplačanim zneskom vodnega povračila in zneskom vodnega povračila, odmerjenega z odločbo iz 12. člena te uredbe, se mora plačati na račun iz prvega odstavka tega člena ali vrniti zavezancu v 60 dneh po dokončnosti odločbe.
Za nepravočasno plačano vodno povračilo mora zavezanec plačati zakonite zamudne obresti, zamudnih obresti pa se ne obračuna, če višina zamudnih obresti za plačilo vodnega povračila ne presega 4 eurov.