Mejna kontrola v pomorskem prometu se praviloma opravlja v pristanišču, ki je določen kot mejni prehod za pomorski promet, iz katerega plovilo izpluje ali v katerega pripluje, na krovu ali v objektu, ki je v neposredni bližini pristanišča in je predviden v ta namen.
Praviloma ima vstopna kontrola prednost pred izstopno kontrolo.
Poveljnik plovila je dolžan nemudoma obvestiti organ mejne kontrole o vseh spremembah, ki se nanašajo na sestavo posadke ali število potnikov in pravočasno oziroma najmanj dve uri pred predvidenim odhodom sporočiti odhod plovila.
Pri kontroliranju potnih listin ali drugih listin za izkazovanje identitete potnikov in članov posadke na plovilih v mednarodnem morskem prometu se ugotavlja identiteta vseh oseb na plovilu in primerjajo podatki iz potnih listin ali drugih listin o istovetnosti oseb na plovilu s podatki v seznamu potnikov in v seznamu članov posadke.