Komisija je dvopartitna in jo sestavlja šestnajst članov; deset strokovnjakov s področja medicine in farmacije in šest strokovnjakov s sistemskimi znanji na področju zdravil.
Člane, predsednika in namestnika predsednika komisije imenuje s sklepom upravni odbor zavoda za dobo štirih let. Člani komisije so po preteku dobe, za katero so bili imenovani, lahko ponovno imenovani v komisijo. Člani komisije pred začetkom dela podpišejo izjave o odsotnosti konflikta interesov in o varovanju poslovne tajnosti.