Komisija pri svojem delu upošteva predvsem naslednje pravne podlage:
-
zakon o zdravstvenem varstvu in zdravstvenem zavarovanju (Uradni list RS, št. 9/92 in naslednji);
-
zakon o zdravilih in medicinskih pripomočkih (Uradni list RS, št. 101/99 in naslednji)
-
statut Zavoda za zdravstveno zavarovanje Slovenije (Uradni list RS, št. 9/95, 76/01);
-
pravila obveznega zdravstvenega zavarovanja (Uradni list RS, št. 79/94 in naslednji);
-
sklep o razvrstitvi zdravil na liste (Uradni list RS, št. 39/96 in naslednji);
-
pravilnik o merilih za oblikovanje cen zdravil na debelo (Uradni list RS, št. 61/01);
-
pravilnik o natančnejši opredelitvi, načinu razvrščanja, predpisovanja in izdajanja zdravil za uporabo v humani medicini (Uradni list RS, št. 37/00 in naslednji);
-
pravilnik o dopolnitvi pravilnika o označevanju zdravil (Uradni list RS, št. 38/98 in naslednji);
-
druge predpise, ki urejajo področje zdravil.
Komisija pri svojem delu upošteva tudi smernice Sveta EU o načinu določanja cen zdravil in njihovo vključevanje v sistem nacionalnega zdravstvenega zavarovanja (Official Journal of the European Communities, No. L40/8, 11. 2. 1989).