V primeru neizpolnjevanja pogodbenih obveznosti je izvajalec dolžan o tem takoj poročati ministrstvu. Ministrstvo lahko začasno ustavi ali prekine financiranje oziroma odstopi od pogodbe.
Prekinitev usposabljanja na zahtevo izvajalca ali na željo mladega raziskovalca, v prvih šestih mesecih financiranja nima finančnih posledic za podpisnika pogodbe, razen, če ministrstvo ugotovi nenamensko porabo sredstev.
Odgovornost izvajalca v primeru prekinitve usposabljanja v naslednjih letih se opredeli v pogodbi o financiranju usposabljanja mladega raziskovalca.
Če ministrstvo odstopi od pogodbe zaradi nenamenske porabe sredstev, je izvajalec dolžan izplačana sredstva vrniti v realni vrednosti, skupaj z zamudnimi obrestmi, v roku, ki ga določi ministrstvo.
Če namen in cilj programa usposabljanja (zagovor doktorata) ni dosežen v pogodbenem roku oziroma roku podaljšanem za 6 mesecev brez zagotovila finančnih sredstev ministrstva, je izvajalec dolžan vrniti 50% izplačanih sredstev.