Javni zdravstveni zavod na primarni ravni ustanovi samoupravna lokalna skupnost s soglasjem ministrstva, pristojnega za zdravje, in po predhodnem mnenju Zavoda za zdravstveno zavarovanje Slovenije. Ustanoviteljske pravice in obveznosti samoupravne lokalne skupnosti uresničuje občinski svet, če s predpisi, ki urejajo področje lokalne samouprave, ni določeno drugače.
Javni zdravstveni zavod na sekundarni in terciarni ravni ustanovi Republika Slovenija po predhodnem mnenju Zavoda za zdravstveno zavarovanje Slovenije. Ustanoviteljske pravice in obveznosti Republike Slovenije uresničuje Vlada Republike Slovenije, predloge v zvezi z uresničevanjem ustanoviteljskih pravic in obveznosti pa daje ministrstvo, pristojno za zdravje.
Mnenje Zavoda za zdravstveno zavarovanje Slovenije se zahteva tudi za spremembo dejavnosti in za prenehanje javnega zdravstvenega zavoda.