Dejavnost Zavoda upravlja skupščina.
Skupščina opravlja naslednje naloge:
-
sprejema statut Zavoda,
-
sprejema splošne akte za uresničevanje zdravstvenega zavarovanja,
-
določa finančni načrt in sprejema zaključni račun Zavoda,
-
opravlja druge naloge, ki jih določata ta zakon in statut Zavoda.
Vlada Republike Slovenije daje soglasje k statutu, finančnemu načrtu in zaključnemu računu zavoda.