S statutom Zavoda se opredelijo tudi strokovne naloge Zavoda, ki obsegajo: izvajanje obveznega zavarovanja, sklepanje pogodb z zdravstvenimi in drugimi zavodi ter organizacijami, ki opravljajo zdravstveno dejavnost, oziroma z zasebnimi zdravstvenimi delavci, izvajanje mednarodnih pogodb o zdravstvenem zavarovanju, finančno poslovanje, opravljanje drugih strokovnih, nadzornih in administrativnih nalog ter dajanje pravne in druge strokovne pomoči zavarovanim osebam.
Zavod vodi baze podatkov in evidence s področja zdravstvenega zavarovanja in uporablja evidence s področja zdravstvenega varstva v skladu s posebnim zakonom.
Upravljavci zbirk osebnih in drugih podatkov, ki razpolagajo s podatki, ki se nanašajo na uresničevanje zdravstvenega zavarovanja, so dolžni zavodu na njegovo obrazloženo zahtevo brezplačno posredovati zahtevane podatke, potrebne za povrnitev škode in za nadzor nad uresničevanjem pravic in obveznosti iz tega zavarovanja.