Ministrstvo opravlja nadzor nad poslovanjem visokošolskih zavodov s:
-
finančnim nadzorom nad porabo sredstev, nakazanih po tej uredbi. Finančni nadzor se opravlja na podlagi letnih poročil o porabi sredstev, v katerih visokošolski zavodi poročajo o porabi sredstev po posameznih namenih (plače in drugi izdatki zaposlenim, prispevki delodajalca za socialno varnost, izdatki za blago in storitve, investicije in investicijsko vzdrževanje);
-
kontrolo posameznih elementov izračuna normativnih letnih sredstev;
-
pregledom letnih poročil visokošolskih zavodov;
-
drugimi predpisanimi načini preverjanja namenske porabe sredstev posrednih proračunskih uporabnikov.
Podatke, ki jih posredujejo visokošolski zavodi, lahko ministrstvo kadarkoli preveri na visokošolskem zavodu, ki mora ministrstvu omogočiti vpogled v evidence, listine in drugo dokumentacijo, povezano s poslovanjem.