Splošna struktura upravljanja in družbena pogodba oziroma statut družbe operaterja prenosnega sistema morata zagotavljati dejansko neodvisnost operaterja prenosnega sistema.
Vertikalno integrirano podjetje se mora vzdržati vsakršnih dejanj, ki bi operaterja prenosnega sistema ovirala pri izpolnjevanju obveznosti iz tega zakona ali nanj vplivala, ter od operaterja prenosnega sistema ne sme zahtevati, da mora od vertikalno integriranega podjetja pridobiti dovoljenje za izpolnjevanje teh obveznosti.
Uprava operaterja prenosnega sistema samostojno v okviru svojih pristojnosti in odgovornosti sprejema potrebne odločitve in izvršuje potrebna dejanja za zagotavljanje neodvisnega ravnanja operaterja prenosnega sistema.
Vertikalno integrirano podjetje ne sme določati, neposredno ali posredno po svojih predstavnikih v organih operaterja prenosnega sistema, ravnanja operaterja prenosnega sistema pri njegovih vsakodnevnih dejavnostih in upravljanju sistema ter zagotavljanju konkurenčnosti tega delovanja, ali pri dejavnostih, potrebnih za pripravo desetletnega načrta za razvoj omrežja na podlagi 31.i člena tega zakona.
Brez poseganja v odločitve nadzornega organa iz 31.g člena tega zakona mora vertikalno integrirano podjetje operaterju prenosnega sistema dati na voljo ustrezne finančne vire za prihodnje naložbene projekte oziroma za nadomestitev obstoječih sredstev v zadostnem času in na ustrezno zahtevo operaterja prenosnega sistema, operater pa mora imeti pooblastilo za pridobivanje denarja na trgu kapitala, zlasti z izposojanjem in povečanjem kapitala.
Operater prenosnega sistema mora imeti neodvisno od vertikalno integriranega podjetja dejanske pravice sprejemanja odločitev v zvezi s sredstvi, potrebnimi za obratovanje, vzdrževanje ali razvoj sistema. Brez poseganja v odločitve nadzornega organa iz 31.g člena tega zakona sprejema odločitve v zvezi s sredstvi, potrebnimi za obratovanje, vzdrževanje ali razvoj sistema, uprava operaterja prenosnega sistema samostojno v okviru svojih pristojnosti in odgovornosti.
Vsa komercialna in finančna razmerja med vertikalno integriranim podjetjem in operaterjem prenosnega sistema, tudi posojila operaterja prenosnega sistema vertikalno integriranemu podjetju, mora biti v skladu s tržnimi pogoji. Operater prenosnega sistema mora pred začetkom njihovega izvajanja Agenciji za energijo predložiti v soglasje vse komercialne in finančne pogodbe ali sporazume z vertikalno integriranim podjetjem.
Hčerinska podjetja vertikalno integriranega podjetja, ki opravljajo dejavnost proizvodnje ali dobave, ne smejo neposredno ali posredno imeti v lasti delnic ali deležev operaterja prenosnega sistema, operater prenosnega sistema pa ne sme imeti neposredno ali posredno v lasti delnic ali deležev hčerinskega podjetja vertikalno integriranega podjetja, ki opravljajo dejavnost proizvodnje ali dobave, ter ne sme prejemati dividend tega podjetja in ne sme imeti drugih finančnih koristi od tega podjetja.
Operater prenosnega sistema mora pri opravljanju svojih nalog iz tega zakona ter pri upoštevanju člena 13(1), člena 14(1)(a), člena 16(2), (3) in (5), člena 18(6) ter člena 21(1) Uredbe (ES) št. 715/2009 Evropskega parlamenta in Sveta z dne 13. julija 2009 o pogojih za dostop do prenosnih omrežij zemeljskega plina in razveljavitvi Uredbe (ES) št. 1775/2005 (Uradni list EU, L 211, 14/08/2009; v nadaljnjem besedilu: Uredba (ES) št. 715/2009) različne osebe ali subjekte obravnavati brez diskriminacije ter ne sme omejevati, izkrivljati ali preprečevati konkurence na področju proizvodnje ali dobave.