ZRS opravijo ocenjevanje vseh predlogov raziskovalnih programov. Interdisciplinarne raziskovalne programe oceni vsak ZRS posebej, in sicer glede na delež posameznih raziskovalnih področij.
ZRS oceni primernost predlaganega obsega financiranja programske skupine tako, da ugotovi skladnost predlaganega obsega skupine z vsebino raziskovalnega programa, in sicer glede na usposobljenost programske skupine in glede na razpoložljivost primerne raziskovalne infrastrukture.
ZRS ob upoštevanju ocene komisije za nazive ter na podlagi pridobljenih recenzentskih ocen razvrstijo raziskovalne programe s predlaganim obsegom financiranja na prednostno listo ZRS, ki jo posredujejo NZRS.
NZRS na podlagi prednostnih list ZRS in ocene komisije za infrastrukturo pripravi končni predlog prednostne liste s predlaganim obsegom financiranja raziskovalnih programov in infrastrukturne dejavnosti.
Interdisciplinarne raziskovalne programe, ki so bili po posameznih deležih ocenjeni na posameznih ZRS, oceni kot celoto NZRS.
NZRS lahko zahteva od ZRS in komisije za infrastrukturo dodatne utemeljitve razvrstitve raziskovalnih programov oziroma infrastrukturne dejavnosti.