Ministrstvo spremlja in nadzoruje izvajanje Programa dela JRO na podlagi:
-
letnega in končnega poročila o izvajanju Programa JRO, ki ga pripravijo JRZ in univerze;
-
finančnega poročila o namenski porabi sredstev po pogodbah in
-
računovodskega izkaza JRZ.
Ministrstvo spremlja in nadzoruje izvajanje raziskovalnega programa oziroma infrastrukturne dejavnosti na podlagi:
-
letnega in končnega poročila ter
-
finančnega poročila o namenski porabi sredstev.
Ministrstvo izvaja nadzor tudi s svojo revizijsko službo.