Merila za ocenjevanje raziskovalnih programov so specifična glede na raziskovalno in disciplinarno usmeritev. Pri tem se interdisciplinarnost in medinstitucionalnost upoštevata kot prednost.
Raziskovalna usmeritev raziskovalnih programov lahko daje večjo težo mednarodno primerljivim znanstvenim kriterijem ali kriterijem neposredne uporabnosti za trajnostni družbeno-ekonomski razvoj Slovenije ali kriterijem ohranjanja in krepitve nacionalne naravne in kulturne dediščine.
V celotni oceni raziskovalnega programa predstavljajo: