Komisija SZT posreduje oceno o ustreznosti programa dela JRO ministrstvu, na podlagi katere ministrstvo pripravi obrazložen predlog za Vlado RS za pridobitev soglasja k programu dela JRO.
Ocena komisije SZT o ustreznosti programa dela JRO, ki ga sprejme univerza, je podlaga za odločitev ministrstva o financiranju.
Če komisija SZT ocene o ustreznosti programa dela ne da v roku, se šteje, da je ocena podana. V nadaljnjem postopku se upoštevajo ocene komisije, ZRS in NZRS.