Sofinanciranje se začne od dneva sklenitve delovnega razmerja asistenta stažista.
Univerza oziroma samostojni visokošolski zavod je dolžan v roku, določenem s pogodbo, ministrstvu sporočiti vsako spremembo v zvezi z asistentom stažistom (npr. porodniški dopust, bolezenska odsotnost, daljša od 30 dni, odhod na služenje vojaškega roka, študijski dopust ipd.). Zaradi spremenjenih okoliščin se lahko sredstva, dogovorjena s pogodbo, začasno zmanjšajo ali se izplačevanje prekine. To se uredi v aneksu k pogodbi.
Čas sofinanciranja, določen v 14. členu tega pravilnika, se zaradi izjemnih okoliščin z aneksom k pogodbi lahko podaljša, vendar skupaj največ za šest mesecev. O podaljšanju na podlagi utemeljene prošnje in poročila univerze oziroma samostojnega visokošolskega zavoda o usposabljanju asistenta stažista odloči minister s sklepom.