Za izvajanje tega sporazuma pogodbenici ustanovita Skupni odbor za znanstveno in tehnološko sodelovanje (v nadaljevanju: Skupni odbor), sestavljen iz predstavnikov in strokovnjakov, ki jih imenuje vsaka stran na principu enakosti.
Skupni odbor načrtuje in usklajuje sodelovanje v znanosti in tehnologiji in ocenjuje razvoj sodelovanja. Sprejema dveletne programe o sodelovanju, nadzira izvajanje programov in če je potrebno, predlaga konkretne ukrepe za realizacijo rezultatov, ki so plod sodelovanja.
Srečanja Skupnega odbora so vsaki dve leti ali na zahtevo ene od pogodbenic, izmenično v Republiki Sloveniji in v Republiki Madžarski.