Področja in oblike sodelovanja, omenjene v 2. in 3. členu, se urejajo s posebnimi sporazumi med slovenskimi raziskovalnimi organizacijami in CEA (v nadaljevanju »posebni sporazumi«).
Posebni sporazumi, ki se urejajo na podlagi tega sporazuma, podrobno opredeljujejo načine in pogoje sodelovanja, kot so financiranje projektov, sprejem obiskovalcev (6. člen), zaupnost (7. člen), varstvo intelektualne lastnine oziroma intelektualna lastnina – pravica uporabe (8. člen), odgovornost za izmenjane informacije (9. člen), odgovornost za nesreče (škoda, povzročena osebju, premoženjska škoda, odgovornost do tretje strani, jedrska odgovornost) (10. člen), reševanje sporov (12. člen), veljavno pravo (13. člen) in itd.