Organizacija zavoda se določi s statutom oziroma pravili zavoda.
V zavodu se lahko za opravljanje posamezne dejavnosti ali dela dejavnosti ali za opravljanje dejavnosti na določenem območju oblikujejo organizacijske enote.
S statutom oziroma pravili zavoda je lahko določeno, da imajo posamezne organizacijske enote pooblastila v pravnem prometu. Organizacijske enote izvršujejo ta pooblastila v imenu in za račun zavoda.