Imisijski monitoring po tej uredbi zagotavlja ministrstvo, pristojno za okolje, v okviru spremljanja onesnaženosti voda, izvaja pa se kot javna služba po predpisih o gospodarskih javnih službah.
Obratovalni imisijski monitoring, kot posledico svojih obremenitev v okolju, morata opravljati povzročitelj obremenjevanja in upravljavec čistilne naprave, ki sta na podlagi uredbe o emisiji snovi in toplote zavezana izvajati obratovalni monitoring.