O priznanju pravice do ugovora vesti vojaški dolžnosti odločajo za območje več občin komisije, ki jih imenuje republiški upravni organ, pristojen za upravo.
V komisijo iz prejšnjega odstavka se imenujejo socialni delavec, psiholog in zdravnik, ki niso v rednem ali pogodbenem delovnem razmerju z organi, pristojnimi za obrambne zadeve, ter predstavnika upravnih organov, pristojnih za notranje zadeve in za obrambo ali za zaščito in reševanje. Predsednik komisije ne more biti predstavnik upravnega organa, pristojnega za obrambne zadeve. Člani komisije imajo namestnike.
Komisija v postopku obravnave prošnje nabornika za priznanje ugovora vesti preveri vse navedbe vojaškega obveznika, po potrebi zbere tudi ustrezna dokazila in opravi razgovor s prosilcem.
Komisija mora o prošnji odločiti v šestih oziroma v treh mesecih, če gre za vojaka med služenjem vojaškega roka, od dneva, ko je bila vložena. Pri odločitvi komisija upošteva želje prosilca, v kateri dejavnosti želi opraviti nadomestno civilno službo, če je to mogoče. Zoper odločitev komisije lahko prosilec vloži pritožbo v 15 dneh od dneva, ko je prejel odločitev komisije. Pritožba ne zadrži izvršitve odločbe.
Ugovora vesti vojaški dolžnosti ni mogoče priznati tistemu, ki ima dovoljenje za nošenje ali posest orožja, ki je bil kaznovan zaradi nelegalne posesti orožja ali kaznivega dejanja, storjenega z nasiljem, oziroma tistemu, ki opravlja pridobitno dejavnost, ki je povezana z orožjem.