Sekretariat je strokovna služba SOS, ki opravlja strokovno organizacijske, administrativno tehnične in druge naloge za SOS. Organizacija dela sekretariata se določi s pravilnikom o organizaciji dela in sistemizaciji delovnih mest, ki ga sprejme generalni sekretar in mora biti v skladu s sprejetim kadrovskim načrtom, ki ga sprejme skupščina SOS. Sekretariat neposredno vodi generalni sekretar.
O zaposlitvi v sekretariatu odloča generalni sekretar, če je sprejet pravilnik o organizaciji in sistemizaciji delovnih mest. Do sprejema teh aktov odloča o zaposlitvi novih javnih uslužbencev predsedstvo SOS.