O sejah preiskovalne komisije se vodi zapisnik in dobesedni zapis (magnetogram).
Zapisnik vodi sekretar ali strokovni svetovalec preiskovalne komisije, podpišeta pa ga predsednik preiskovalne komisije in zapisnikar.
Zapisnik vsebuje: kraj in čas seje, imena in priimke predsednika oziroma podpredsednika in navzočih članov preiskovalne komisije, imena in priimke drugih oseb, ki sodelujejo na seji, podatek, ali je bila seja odprta ali zaprta za javnost, ter bistvene podatke o poteku dokazovanja. Sestavni del zapisnika je dobesedni zapis (magnetogram) seje.
Za obravnavanje in za zapisnik o izvajanju dokazov, ki so označeni kot zaupni, veljajo ustrezni predpisi o varovanju tajnosti in akti Državnega zbora o ravnanju z zaupnimi gradivi.
Dokler parlamentarna preiskava ni končana, se sme zapisnike sej preiskovalne komisije dati le sodiščem in drugim državnim organom, kadar imajo ti na podlagi zakona pravico zahtevati izročitev listin na vpogled.