Temeljna zdravstvena organizacija se ne more izločiti iz zdravstvene delovne organizacije, če bi to v nasprotju s splošnim interesom bistveno otežilo ali onemogočilo delo v drugih zdravstvenih temeljnih organizacijah v sestavi zdravstvene delovne organizacije oziroma strokovno raven, zdravstvene delovne organizacije ter delo in pravice delavcev v drugih delih zdravstvene delovne organizacije, če bi enostransko spremenila medsebojne obveznosti, če bi prekršila z zakonom predpisane pogoje oziroma z družbenim dogovorom opredeljena merila za samoupravno organiziranje ter prizadela splošni družbeni interes.
Zoper izločitev zdravstvene temeljne organizacije lahko sprožijo poleg v zakonu pooblaščenih upravičencev spor pred sodišči združenega dela: ustanovitelj zdravstvene delovne organizacije, zainteresirana zdravstvena skupnost ter republiški upravni organ za zdravstveno varstvo, če bi izločitev bila v nasprotju s splošnimi družbenimi interesi.