Ustanovitelj lahko odloči, da se klinike, klinični inštituti, klinični oddelki, centri ali službe, katerih dejavnosti ali deli dejavnosti niso neposredno povezani s temeljno zdravstveno, izobraževalno in raziskovalno dejavnostjo KC, izločijo iz javnega zavoda KC in se organizirajo kot samostojni zavodi ali podjetja s premoženjem, ki je last ustanovitelja.
Pobudo za izločitev daje organizacijska enota, ki se želi izločiti.
Predlog za izločitev pošlje ustanovitelju svet KC s podrobno utemeljitvijo in mnenjem.