Klinike in inštitute vodijo predstojniki. Odgovorni so za strokovno, izobraževalno in raziskovalno delo, za smotrno organizacijo, za ustrezno strokovno usposobljenost osebja in za strokovni razvoj, usklajen z ekonomskimi možnostmi, ter v okviru svojih pooblastil tudi za poslovni uspeh.
Predstojnika klinike, kliničnega inštituta oziroma kliničnega oddelka imenuje in razrešuje svet KC. Imenuje ga na podlagi javnega razpisa izmed kandidatov, ki jih predlaga strokovni kolegij klinike, kliničnega inštituta ali kliničnega oddelka. Strokovni kolegij klinike, kliničnega inštituta ali kliničnega oddelka mora svetu KC predlagati vse kandidate, ki izpolnjujejo razpisne pogoje določene v statutu KC skupaj s pisnim mnenjem o vsakem kandidatu.
Za predstojnika klinike, kliničnega inštituta oziroma kliničnega oddelka je lahko imenovan kandidat, ki izpolnjuje s statutom KC predpisane kriterije za področje strokovnega, pedagoškega, raziskovalnega in organizacijskega dela. Če vsi kandidati izpolnjujejo kriterije iz razpisa, ima prednost kandidat z nazivom učitelja na Medicinski fakulteti. V primeru klinik in kliničnih inštitutov, kjer obstajajo katedre medicinske fakultete, je naziv učitelja na medicinski fakulteti obvezen pogoj.
V primeru slabega poslovanja klinike, kliničnega inštituta ali kliničnega oddelka lahko generalni direktor svetu KC predlaga razrešitev predstojnika ali pa ob predstojniku imenuje poslovnega vodjo te organizacijske enote v skladu s postopkom in pogoji, ki se določijo v statutu KC.