Finančno poslovanje KC se vodi po stroškovnih mestih in stroškovnih nosilcih. Obvezna stroškovna mesta so organizacijske enote iz 6. in 7. člena.
Druga stroškovna mesta in stroškovne nosilce pri opravljanju zdravstvenega programa po pogodbi z Zavodom za zdravstveno varstvo zavarovanje Slovenije ali izven nje določi generalni direktor KC na predlog direktorja organizacijske enote ali predstojnika klinike, kliničnega inštituta oziroma kliničnega oddelka.
Merila in elemente strukture cen storitev KC ter cene storitev določi generalni direktor KC. K ceniku storitev da soglasje minister, pristojen za zdravje.