Temeljne dejavnosti KC so zdravstvena dejavnost na sekundarni in terciarni ravni, izobraževalna dejavnost in raziskovalna dejavnost.
Zdravstvena dejavnost: KC s svojimi klinikami, inštituti in drugimi organizacijskimi enotami opravlja bolnišnično in ambulantno specialistično dejavnost za področje ljubljanske zdravstvene regije in drugih regij, če nimajo ustrezne zdravstvene dejavnosti na regionalni ravni, ter zdravstveno dejavnost na terciarni ravni.
Terciarno zdravstveno dejavnost predstavljajo skrb za uravnotežen razvoj specialističnih zdravstvenih dejavnosti v državi, uvajanje novih zdravstvenih metod, posredovanje novega znanja in veščin drugim zdravstvenim zavodom, izvajanje najzahtevnejših zdravstvenih storitev ter izvajanje tistih zdravstvenih ukrepov, ki so potrebni za izvajanje izobraževalne dejavnosti.
Izobraževalna dejavnost: KC s svojimi klinikami, inštituti in drugimi organizacijskimi enotami izvaja izobraževalno dejavnost za potrebe Medicinske fakultete in drugih zdravstvenih šol.
KC izvaja zdravstveno izobraževalno dejavnost na dodiplomski in podiplomski ravni ter predlaga vsebino ali spremembo izobraževalnih programov. Posebej skrbi za čim boljšo strokovno, izobraževalno in raziskovalno usposobljenost strokovnjakov, zaposlenih v KC.
Raziskovalna dejavnost: KC izvaja znanstveno raziskovalno delo z naslednjimi poglavitnimi cilji: izvajanje temeljnih raziskav, izvajanje uporabnih, ciljnih in razvojnih raziskav za potrebe nacionalnega zdravstvenega varstva.
Ostala dejavnost: Statut KC določi druge dejavnosti KC, ki so potrebne za delovanje KC in so v skladu z njegovimi strokovnimi in poslovnimi interesi. KC Ljubljana opravlja še:
Dejavnost iz tega člena se v skladu z uredbo o uvedbi in uporabi standardne klasifikacije dejavnosti (Uradni list RS, št. 34/94, 3/95, 13/95, 33/95, 15/96, 89/98 in 12/99) razvršča v: