KC vodi generalni direktor, ki organizira poslovanje ter predstavlja in zastopa KC. Odgovoren je za poslovni uspeh, za uravnoteženje poslovnih in strokovnih interesov in za zakonitost poslovanja.
Generalnega direktorja imenuje in razrešuje svet KC s soglasjem Vlade Republike Slovenije. Imenuje se na podlagi javnega razpisa.
Za generalnega direktorja je lahko imenovan kandidat, ki ima univerzitetno izobrazbo, dodatno izobrazbo na področju upravljanja in najmanj pet let izkušenj z vodenjem in upravljanjem. Njegov mandat traja štiri leta in je lahko ponovno imenovan.
Generalni direktor ne sme opravljati druge funkcije s posebnimi pooblastili v KC.