Organizacijske enote KC so klinike, klinični inštituti, klinični oddelki, strokovno poslovne skupnosti in poslovne skupnosti.
Temeljne strokovne enote KC, ki jih določi statut KC, so klinike, klinični inštituti in klinični oddelki. Za določena strokovna področja se oblikujejo centri in službe. Skupni pogoj za njihovo oblikovanje je strokovno celovita dejavnost in velikost, ki jim omogoča strokovno samostojnost. Klinike, klinični inštituti in klinični oddelki morajo izpolnjevati merila, ki jih določa pravilnik o pogojih za pridobitev naziva klinika, klinični inštitut ali klinični oddelek.