Strokovni direktor KC vodi, usklajuje in odgovarja za strokovno dejavnost KC. Odgovoren je tudi za uresničevanje uravnoteženega strokovnega razvoja in strokovnega povezovanja z drugimi zdravstvenimi zavodi.
Strokovnega direktorja KC imenuje in razrešuje svet KC. Imenuje ga na podlagi javnega razpisa izmed kandidatov, ki jih predlaga strokovni svet KC. Strokovni svet KC mora svetu KC predlagati vse kandidate, ki izpolnjujejo razpisne pogoje, določene v statutu KC, skupaj s pisnim mnenjem o vsakem kandidatu.
Za strokovnega direktorja je lahko imenovan kandidat, ki ima univerzitetno izobrazbo medicinske smeri, naziv visokošolskega učitelja na medicinski fakulteti ali naziv višji svetnik in najmanj 4 leta delovnih izkušenj na vodstvenih delovnih mestih v zdravstvu. Njegov mandat traja štiri leta in je lahko ponovno imenovan.
Strokovni direktor ne sme opravljati druge funkcije s posebnimi pooblastili v KC.