Strokovni svet KC je kolegijski strokovni organ, ki načrtuje, obravnava in usmerja strokovno dejavnost KC, upoštevajoč strokovno samostojnost klinik, kliničnih inštitutov in kliničnih oddelkov v okviru njihovih strokovnih pooblastil. Strokovni svet odloča o strokovnih vprašanjih v skladu s pooblastili, določenimi v statutu, in v skladu z ekonomskimi možnostmi zavoda.
Strokovni svet KC sestavljajo strokovni direktorji strokovno-poslovnih skupnosti, predstavniki poslovnih skupnosti oziroma dva predstavnika nepovezanih organizacijskih enot KC, če organizacijske enote KC niso povezane v poslovne skupnosti, in glavna medicinska sestra KC. Strokovni svet KC vodi strokovni direktor KC.
Strokovni svet lahko na sejo povabi predstojnika katerekoli klinike, kliničnega inštituta, kliničnega oddelka, centra in službe, ko obravnava za njih pomembne strokovne zadeve. V tem primeru ima povabljeni enake pravice kot redni člani strokovnega sveta, razen pravice glasovanja.
Strokovni svet posreduje predloge strokovnih doktrin Zdravstvenemu svetu, razširjenim strokovnim kolegijem in zdravstvenim zavodom.
Strokovni svet KC za svoje delovanje sprejme poslovnik, ki začne veljati, ko ga potrdi svet KC.