Za izvajanje tega sporazuma pogodbenici ustanovita mešano slovensko-rusko komisijo (v nadaljevanju: mešana komisija) za znanstveno in tehnološko sodelovanje, v katero dva člana imenuje Ministrstvo za znanost in tehnologijo Republike Slovenije in dva Ministrstvo za znanost in tehnološko politiko Ruske federacije.
V okviru mešane komisije se bosta pogodbenici posvetovali o vprašanjih nacionalne znanstvene, tehnološke, ekonomske in pravne ureditve na tem področju, o oblikovanju državnih prioritet znanstveno-tehnološkega razvoja in usklajevali bilateralno sodelovanje na področju znanosti in tehnologije.
Mešana komisija lahko po potrebi ustanovi stalne ali začasne delovne skupine za določena področja znanstveno-tehnološkega sodelovanja in povabi k sodelovanju tudi izvedence.
Srečanja mešane komisije so praviloma enkrat letno, izmenično v Republiki Sloveniji in Ruski federaciji.