Arboretum se upravlja na podlagi načrta upravljanja, v katerem se opredelita programska in prostorska vizija razvoja kulturnega spomenika.
Potrjeni načrt upravljanja je podlaga letnim načrtom dela. Načrt upravljanja je obvezno izhodišče za načrtovanje prostora in rabo naravnih dobrin.
Načrt upravljanja mora vsebovati tudi grafične ponazoritve koncepta razvoja, temelječe na predhodnih prostorskih presojah. Načrt upravljanja pripravi Javni zavod na podlagi strokovnih podlag in preveritev.
Strokovne podlage za spomeniško varstveni del, v katerih se podrobneje opredelijo spomeniško-varstvene lastnosti zavarovanega območja in njihovo stanje, določijo enote spomenika, smernice za vzdrževanje in sanacijo posameznih enot, smernice za prezentacijo ter izhodišča za razvoj Arboretuma na prostih površinah, izdela Zavod.
Strokovne podlage za druge dele načrta upravljanja območja pripravi Javni zavod.