Organ upravljanja ZRS Koper je upravni odbor. Upravni odbor ima sedem članov, od katerih imenujejo:
1.
ustanovitelji:
-
Vlada Republike Slovenije tri člane (po enega člana na predlog ministrstva, pristojnega za znanost, ministrstva, pristojnega za šolstvo in ministrstva, pristojnega za zunanje zadeve),
-
enega člana Občina Izola, Mestna občina Koper in Občina Piran,
-
enega člana Slovenska akademija znanosti in umetnosti (SAZU),
2.
enega člana imenuje znanstveni svet ZRS Koper izmed redno polno zaposlenih odgovornih nosilcev znanstvenih projektov,
3.
enega člana delavci ZRS Koper.
Predsednika upravnega odbora izvolijo člani upravnega odbora in ga predlagajo v imenovanje ministru, pristojnemu za znanost.