Ministrstvo ima pravico vpogleda v raziskave z vidika doseganja programskih ciljev in z vidika namenskosti trošenja pogodbeno določenih finančnih sredstev.
Neposredno odgovornost za predpisani in pogodbeno določen potek programa nosi vodja ciljnega raziskovalnega programa, za posamičen projekt pa odgovorni nosilec projekta. Če ima programski odbor imenovanega programskega managerja, ta nosi odgovornost za poteku programa in namensko uporabo sredstev skladno s pogodbami, predpisi in dogovori v programskem odboru.
Manager programa, vodja programa, člani programskega odbora, izvajalci programa in koordinator ciljnih raziskovalnih programov imajo pravico in dolžnost opozoriti na nepravilnosti, ki se pojavljajo pri izvajanju programa.