Predlog izbora projektov pripravi programski odbor na podlagi prednostnih list nacionalnih področnih svetov.
Projekti, ki se že financirajo iz sredstev ministrstva se lahko vključijo v ciljni raziskovalni program po predhodnem soglasju odgovornih nosilcev projektov in nacionalnega področnega sveta.
Predlog projektov odbor pošlje v potrditev Nacionalnemu svetu za raziskave in razvoj.