Zbirke podatkov eZdravja so Centralni register podatkov o pacientih (v nadaljnjem besedilu: CRPP) in zbirke podatkov, ki se vzpostavijo in vodijo zaradi izvajanja posameznih storitev eZdravja. Te zbirke podatkov so določene v Prilogi zbirk podatkov eZdravja, ki je kot Priloga 2 sestavni del tega zakona. Upravljavec zbirk podatkov eZdravja je NIJZ.
Ime in vsebina posameznih zbirk podatkov eZdravja, razen CRPP, njihov namen, kdo mora posredovati podatke in kdaj, način pridobivanja podatkov, rok hrambe podatkov in upravičenci do podatkov iz posamezne zbirke podatkov, so opredeljeni v Prilogi 2.
Ne glede na določbe zakona, ki ureja varstvo osebnih podatkov, lahko NIJZ: