Agencija pripravlja usmeritve za pripravo regionalnih razvojnih programov v okviru strategije regionalnega razvoja Slovenije in jih posreduje regionalnim razvojnim agencijam. Regionalna razvojna agencija se lahko kadarkoli v postopku priprave regionalnega razvojnega programa strokovno posvetuje z agencijo.
Agencija izvede predhodno vrednotenje regionalnega razvojnega programa in ugotavlja skladnost z zakonom o spodbujanju skladnega regionalnega razvoja, s strategijo regionalnega razvoja Slovenije, z navodili o minimalni obvezni vsebini in metodologiji priprave regionalnega razvojnega programa in z drugimi predpisi, ter izda k regionalnemu razvojnemu programu ustrezno mnenje. V primeru negativnega mnenja poda regionalni razvojni agenciji ustrezno obrazložitev.
Agencija je dolžna podati mnenje v 60 dneh po prejemu regionalnega razvojnega programa.