Agencijo vodi in predstavlja direktor, v njegovi odsotnosti pa namestnik direktorja.
Direktor je za svoje delo in za delo agencije odgovoren ministru, pristojnemu za razvoj.
Direktorja in namestnika imenuje in razrešuje Vlada Republike Slovenije na predlog ministra, pristojnega za razvoj.
Agencija ima dva namestnika direktorja.
Direktorja in namestnika se imenuje na podlagi javnega razpisa. Obvezni pogoji za zasedbo delovnega mesta direktorja in namestnikov direktorja so: