Agencijo vodi in predstavlja direktor, v njegovi odsotnosti pa namestnik direktorja.
Direktor je za svoje delo in za delo agencije odgovoren ministru, pristojnemu za razvoj.
Direktorja in namestnika imenuje in razrešuje Vlada Republike Slovenije na predlog ministra, pristojnega za razvoj.
Agencija ima dva namestnika direktorja.
Direktorja in namestnika se imenuje na podlagi javnega razpisa. Obvezni pogoji za zasedbo delovnega mesta direktorja in namestnikov direktorja so:
-
univerzitetna izobrazba ekonomske ali druge družboslovne oziroma naravoslovne smeri in najmanj 8 let ustreznih delovnih izkušenj ali dokončan magistrski ali doktorski študij in najmanj 5 let in 4 mesece ustreznih delovnih izkušenj,
-
aktivno znanje angleškega jezika,
-
poznavanje ustroja institucij Evropske unije in praktične izkušnje s strukturnimi instrumenti Evropske unije.