Zavod upravlja z zbirkami osebnih podatkov ter vzpostavi in vodi katalog zbirk osebnih podatkov skladno z določili posebnega zakona, ki ureja področje varstva osebnih podatkov.
Zavod sprejme pravilnik o postopkih in ukrepih za zavarovanje osebnih in zaupnih podatkov, v katerem opredeli načine in postopke za zagotovitev varstva osebnih podatkov, ki jih vsebujejo zbirke podatkov, s katerimi upravlja zavod.