Generalni direktor zavoda ima zlasti naslednje pristojnosti in pooblastila:
1.
predstavlja in zastopa zavod, organizira in vodi delo ter poslovanje zavoda;
2.
poroča skupščini in upravnemu odboru o poslovanju zavoda;
3.
zagotavlja zakonitost poslovanja in pogoje za delo ter izvršuje sklepe organov upravljanja zavoda;
4.
lahko zadrži sklep upravnega odbora, s katerim se lahko povzročijo motnje v poslovanju ali izguba zavodu, in ga predloži v odločitev skupščini;
5.
zadrži nezakoniti sklep upravnega odbora in sproži ustrezni sodni postopek;
6.
podpisuje akte, listine, pogodbe in druge dokumente, ki se nanašajo na poslovanje zavoda;
7.
objavlja razpis programov in storitev;
8.
predlaga strategijo razvoja zdravstvenega zavarovanja in poslovno politiko zavoda, splošne akte zavoda in ukrepe za njihovo izvajanje;
9.
v skladu s finančnim načrtom med letom razporeja sredstva zavoda po posameznih namenih in po območjih;
10.
v skladu s predpisi odloča o uporabi tekočih likvidnostnih sredstev in o prerazporeditvi sredstev znotraj finančnega načrta službe zavoda;
11.
sprejema ukrepe, ki izhajajo iz odločb Računskega sodišča Republike Slovenije;
12.
v skladu s finančnim načrtom in planom nabav osnovnih sredstev odloča o nabavi, zamenjavi in odpisu osnovnih sredstev do obsega, ki ga določi upravni odbor;
13.
določa plan kadrov in izobraževanja;
14.
izdaja odločbe na prvi oziroma drugi stopnji;
15.
imenuje in razrešuje direktorje področij, direktorje območnih in področnih enot;
16.
imenuje druge delavce s posebnimi pooblastili zavoda in sklepa pogodbe o zaposlitvi;
17.
imenuje skupino za pogajanje z izvajalci zdravstvenih storitev ter sklepa pogodbe z izvajalci;
18.
v skladu z zakonom, kolektivno pogodbo, usmeritvami in stališči upravnega odbora usklajuje plače in nadomestila, potrjuje povrnitev materialnih stroškov in nadomestila za službena potovanja ter druge materialne stroške;
19.
predlaga pravilnik o notranji organizaciji zavoda in izdaja pravilnik o sistemizaciji delovnih mest ter druge splošne akte, ki jih po tem statutu ne sprejema skupščina ali upravni odbor ter posamične akte;
20.
daje mnenje zavoda pred izdajo koncesije za opravljanje zasebne zdravstvene dejavnosti;
21.
imenuje člane komisij, predstavnike zavoda v arbitraže in člane delovnih skupin ter jim določa naloge;
22.
odloča o disciplinski odgovornosti delavcev zavoda in izreka disciplinske ukrepe v skladu z zakonom in kolektivno pogodbo delavcev zdravstvenega zavarovanja Slovenije;
23.
opravlja druge naloge v skladu z zakonom, kolektivno pogodbo, tem statutom in drugimi splošnimi akti zavoda.
Generalni direktor lahko v primerih iz 14. točke prejšnjega odstavka prenese pooblastilo na drugega delavca.