Glavni tajnik univerze in tajniki članic univerze imajo posebna pooblastila in odgovornosti.
Posebna pooblastila in odgovornosti pri ravnanju s sredstvi in drugim premoženjem imajo tudi računovodja univerze in računovodje članic univerze.
Dela, naloge, pooblastila in odgovornosti glavnega tajnika, tajnikov članic univerze in računovodij, kot tudi pogoji za zasedbo teh delovnih mest so določeni z aktom o organizaciji in sistemizaciji univerze in članic.
Posebna pooblastila podeli rektor univerze.